解決法
VMの機能上グローバル変数用のマップ(文字列と値のペア)を持っているため、この領域に保存と参照が可能になっている。
今回作成中のアプリの形式ではコンパイルと実行を一個の処理で行う事から、再コンパイル時にグローバル変数を再度登録するので、アクセスできる状態は継続できそう(初期化してないはずなので)
よって変数には別途確保せずVM上のグローバル変数のマップから参照する方法が一番確実。
この調査のためにDiscordを延々調べてようやくたどり着いたという。すげえ時間かかったわ。
あとでMiniscriptのWikiに情報アップしておく予定。組み込みする人だと必要になると思うし。